Kho hàng trung tâm Nature Prime hoạt động dựa trên nguyên tắc xuất hàng trong ngày, và luôn cố gắng sắp xếp hàng hóa gọn gàng để chứa được nhiều sản phẩm hơn. Hệ thống mã vạch tự phát triển giúp tăng độ chính xác khi xuất hàng, và tạo ra mô hình thuận lợi cho khách hàng và đối tác trong việc lấy hàng và đóng gói.